Воспитанник ФК ЦСКА, двукратный чемпион МФЛ. 7 августа 2023 года подписал контракт с клубом до конца сезона 2025/2026[2]. 15 мая 2024 дебютировал в основном составе клуба в финале пути РПЛ Кубка России против «Зенита», выйдя на замену получившему травму Владиславу Торопу. Отстоял эту игру «на ноль» и был признан лучшим игроком матча, в послематчевой серии пенальти пропустил все пять ударов.

22 июня 2024 года перешел в ульяновскую «Волгу» на правах аренды до конца сезона 2024/25. Перед уходом продлил контракт с ЦСКА до лета 2028 года с опцией продления ещё на сезон. Дебютировал 20 июля в матче второй лиги против дзержинского «Химика» (3:1). 17 августа в матче против «Иртыша» (0:1) Владимир провёл свой первый «сухой» матч за «Волгу». По итогам сезона 2024/25 «Волга» с Шайхутдиновым вышла в Первую лигу. Владимир принял участие в 17 матчах, в 6 из которых сохранил свои ворота в неприкосновенности. 28 июня 2025 года Владимир Шайхутдинов стал полноценным игроком «Волги»: клуб выкупил его у ЦСКА и заключил годичный контракт.

17 августа 2025 года Шайхутдинов дебютировал за «Волгу» в Первой лиге, сохранив ворота в неприкосновенности в победном матче против «СКА-Хабаровска» (1:0)